Hesaplamalı Yapısal Biyoloji ve İlaç Keşfi Laboratuvarı

“Hesaplamalı Yapısal Biyoloji ve İlaç Keşfi” grubu olarak insan (kanser), virüs, parazit ve bakteri proteinleri ve hücreleri üzerinde araştırmalar yapmaktayız.

Grubumuzun öncelikli çalışma alanlarından biri hesaplamalı yapısal biyoloji ve ligand/yapı-temelli ilaç tasarımıdır. Bu amaç doğrultusunda ilaç hedefi olan proteinler üzerinde etkili olabilecek kimyasalların seçimi için protein yapılarının modellenmesi, yüksek-hacimli sanal tarama, moleküler yanaştırma ve moleküler dinamik simülasyonları gerçekleştirilmektedir. Aynı zamanda ilaç hedefi olan protein genlerinin klonlanması, rekombinant protein üretimi (E. coli ekspresyon sistemi), afinite kromatografisi ile yüksek miktar ve saflıkta saflaştırılması ve biyokimyasal-biyofiziksel analizleri yapılmaktadır. Bunun yanı sıra anti-kanser ve anti-mikrobiyal peptitlerin tasarımı, hücre zarı-peptit/ligand etkileşimleri, protein-peptit ve protein-DNA/RNA aptamer etkileşimlerinin incelenmesi de bu ilaç çalışmaları içinde yer almaktadır.

Diğer bir çalışma alanımız ise poli-ekstremofilik proteinlerin evrimi ve yapısal biyolojilerinin anlaşılmasına yönelik olarak yaptığımız yapısal biyoinformatik çalışmalarını kapsamaktadır.

Ekip:

Doç. Dr. Özal MUTLU (Anabilim Dalı Başkanı)

https://scholar.google.com.tr/citations?user=wkjEJMkAAAAJ&hl=tr&oi=ao

Esra ALBAYRAK (Dr. adayı): Antikanser peptit keşfi, hesaplamalı yapısal biyoloji, realistik kanser membranlarının yapısal biyolojisi

Can AYGÜN (Dr. adayı): Antimikrobiyal ilaç keşfi, hesaplamalı yapısal biyoloji

Sude BÜYÜKKURT (Y. Lisans Öğr.): Antimikrobiyal peptit keşfi, hesaplamalı yapısal biyoloji, bakteri membranlarının yapısal biyolojisi

 

Geçmiş tezler

Merve BOSTANCIOĞLU (DR, 2018-25): Babesia bigemina Laktat Dehidrogenaz Enziminin Moleküler Karakterizasyonu ve Enzimin Hesaplamalı Yapısal Biyoloji Yaklaşımıyla İncelenmesi

Mustafa Necati Haşimoğlu (YL, 2021-24): Neisseria gonorrhoeae 1-Deoksi-D-Ksilüloz 5- Fosfat Redüktoizomeraz’ı hedef alan yeni inhibitörlerin hesaplamalı kimya yöntemleriyle tanımlanması (2. danışman, 1. danışman: Prof. Dr. Dilek Turgut-Balık)

Sura Sanem KÖSE (YL, 2021-23): Cryobacterium aureum FabH enziminin hesaplamalı yapısal biyoloji yaklaşımıyla incelenmesi

Seda Nematipour (YL, 2020-23): In silico characterization of the Klebsiella pneumoniae Tetrahydrodipicolinate N-succinyl Transferase enzyme and identification of potential inhibitors (2. danışman, 1. danışman: Prof. Dr. Safiye ERDEM)

Can Aygün (YL, 2018-20): Toxoplasma gondii FabG (3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase) enziminin ilaç geliştirmeye yönelik olarak rekombinant üretimi, biyokimyasal, biyofiziksel ve in silico analizleri

  

Lisans projeleri

Hümeyra Şehnaz Sezen, Tuğba Kurçenli (2023-24): Acinetobacter baumannii Tiyamin Monofosfat Kinaz (AbTMPK) enziminin lasioglossin I, II ve III peptit ve türevleri ile etkileşiminin in silico yöntemlerle incelenmesi (Destek: TÜBİTAK 2209A)

Sude Büyükkurt (2020-21): Bakteriyel FabI enziminin termal adaptasyonunun hesaplamalı yapısal biyoloji yaklaşımıyla incelenmesi (Destek: TÜBİTAK 2209A)

Gizem Kuğu, Merve Gürboğa (2018-19): Veteriner ilacı keşfine yönelik olarak piroplazma Histon deasetilaz 1 (HDAC1) inhibitörlerinin bilgisayar destekli ve yapıya dayalı ilaç tasarımı yaklaşımıyla belirlenmesi (Destek: TÜBİTAK 2209A)

 

Çalışma ortakları:

Prof. Dr. Dilek TURGUT-BALIK (YTÜ-Biyomühendislik bölümü)

Prof. Dr. Nagehan GÜLSOY (Marmara Üni-Biyoloji Bölm.)

Prof. Dr. Safiye ERDEM (Marmara Üni-Kimya Bölm.)

Prof. Dr. Ayşe OGAN (Marmara Üni-Kimya Bölm.)

Prof. Dr. Özkan GÜLSOY (Marmara Üni-Metalurji ve Malzeme Bölm.)

Prof. Dr. Özkan DANIŞ (Marmara Üni-Kimya Bölm.)

Prof. Dr. Ajda Ç. GÜRKAN (Marmara Üni-Biyoloji Bölm.)

Prof. Dr. Hiqmet KAMBERAJ (Uluslararası Balkan Üni- Bilgisayar Müh. Bölm./ Makedonya)

Prof. Dr. Soner ÇUBUK (Marmara Üni-Kimya Bölm.)

Prof. Dr. Serap DERMAN (YTÜ-Biyomühendislik bölümü)

Doç. Dr. Emrah SARIYER (Artvin Çoruh Üni.)

Dr. Öğr. Üyesi Sinem KOÇER (Yeni Yüzyıl Üni-Eczacılık Fak.)